Разнообразние рельефа и климата Казахстана обуславливает неравномерное распределение поверхностных вод. Очень мало рек в пустынях, их гораздо больше на севере и высокогорных районах. В республике насчитывается около 85 тысяч рек, из них 90% составляют реки и врменные водотоки длиной не менее 10 км. Большая часть рек принадлежит к внутренним замкнутым бассейнам Каспийского и Аральского морей, озер Балхаш, Тенгиз, Шалкар, Карасор, и только реки Иртыш, Ишим, Тобол относятся к бассейну российской реки Обь. Крупные реки бассейна Каспийского моря - Урал и Эмба, Аральского моря - Сырдарья. В озеро Балхаш с юга впадают реки Или, Каратал, Аксу, Лепсы, с севера Аягуз, Баканас и Токрау. Озеро Тенгиз, кроме небольших временных водотоков принимает одну из значительных рек Казахстана - Нуру.

Бассейны небольших рек: Иргиз, Тургай, Сарысу, Чу и других образуют самостоятельные области замкнутого стока. В стране преобладают равнинные реки снегового питания с весенним половодьем. Многие из них летом пересыхают, частично распадаются на плёсы. На юге и востоке страны много горных рек, наполняющиеся снегами и ледниками. 
Большинство рек республики являются не судоходными. Из рек Казахстана судоходны лишь Иртыш, Или, Ишим, Урал и Сырдарья. Для плоскодонных судов частично доступны Тобол, Каратал, низовья Лепсы, Убы и Бухтармы. Общий поверхностный сток рек в пределах Казахстана составляет 112 куб. км.

В Казахстане насчитывается свыше 48 тысяч озер, общей площадью 45 тысяч кв. км, из них 94% имеют площадь до 1 кв. км, это в основном пойменные и дельтовые озера. Количество озер с площадью больше 100 кв. км составляет 21. Среди них Балхаш, Зайсан, Алаколь, Тенгиз, Селетытениз, Сасыкколь, Кушмурун, Маркаколь, Улькен-Карой и другие. В пределы Казахстана заходят северные и северо-восточные части Каспийского и Аральского морей.

В пределах страны свыше 4 тысяч прудов и водохранилищ, многие из которых в засушливые годы пересыхают. На многих озерах добываются разнообразные соли, свыше 30 озер имеют лечебные грязи и рапу.